Sektor za Evropsku uniju i njegovo Odeljenje za institucije EU prati unutrašnji razvoj, funkcionisanje i aktivnosti institucija Evropske unije: Evropski parlament, Evropski savet, Savet ministara, Evropska komisija, Sud pravde EU, Evropska centralna banka, Evropski revizorski sud.

Sektor za EU prati spoljnu politiku i međunarodne odnose EU, regionalna kretanja i multinacionalne integracije sa aspekta njihovog uticaja na evropske integracione procese i ukupan rad institucija EU.