Европска комисија (ЕК) има овлашћења да покреће иницијативе, припрема одлуке Савета ЕУ, да их спроводи по усвајању и да надзире примену одлука и других прописа на територији држава-чланица ЕУ. Европска комисија, такође, обезбеђује спровођење оснивачких уговора и остваривање интереса ЕУ. Има значајна извршна овлашћења у односу на одлуке које доноси Савет. Европска комисија представља Унију у међународним економским односима и преговара у име Уније ради закључивања широког спектра међународних уговора.

Председника Комисије предлаже Европски савет, након чега се исти бира већином гласова посланика Европског парламента. Нови сазив Европског парламента, формиран након избора одржаних од 25. до 27. маја 2014. године, за председника Европске комисије изгласао је луксембуржанина Жан-Клод Јункера, који ће ту функцију обављати до 2019. године. Поред председника, Европска комисија има 27 чланова Комисије, од којих су седам потпредседници Европске комисије.

Области надлежности Комисије су: саобраћај и енергетика; конкуренција; пољопривреда, сеоски развој и водопривреда; привреда и информатичко друштво; унутрашње тржиште, пореска политика и царинска унија; истраживање; економска и монетарна питања; развој и хуманитарна помоћ; проширење; спољни послови; трговина; заштита здравља и потрошача; регионална политика; образовање и култура; буџет; правосуђе и унутрашњи послови; запошљавање и социјална питања.